芥菜基因組

芥菜（Brassica juncea，2n=36，AABB）是十字花科重要經濟作物之一，根據禹氏三角可知芥菜是由芸薹（Brassica campestris，2n=20，AA）和黑芥（Brassica nigra，2n=16，BB）雜交後加倍形成的異源四倍體。

2016年，中國科學家完成芥菜基因組的測序，研究成果“The genome sequence of allopolyploid Brassica juncea and analysis of differential homoeolog gene expression influencing selection”發表在國際期刊《Nature Genetics》上。

基本介紹

• 中文名：芥菜
• 外文名：Brassica juncea
• 染色體：18條
• NCBI登錄號：GCA_001687265.1
• 組裝水平：Chromosome
• 科：十字花科
• 屬：芸薹屬

背景

芥菜屬於芸薹屬的一類重要蔬菜，包括榨菜、大頭菜、雪裡紅等。測序材料為芥菜的一個變種（榨菜，Brassica juncea var.tumida）。

基因組信息

測序材料為榨菜T84-66，基因組完整性達到85%，採用從頭+同源+轉錄組結合的方法在芥菜基因組中獲得了80050個編碼蛋白的基因，其中有97.8%的基因可以注釋到Nr庫。

主要結果

1. 確定了芥菜的A基因組來源：芥菜和油菜的A基因組來源不同，芥菜（AABB）的A基因組來源於白菜型油菜，油菜（AACC）的A基因組起源於歐洲蕪菁。
   
2. 揭示了芥菜多倍體基因組上同源基因的表達與選擇機制：發現顯著差異表達的同源基因具有更快的進化速率，且芥菜中菜用和油用類群的分化與同源基因差異表達相關，表明同源基因差異表達對多倍體演化起著重要作用。
   

芥菜A亞基因組的起源

延伸

芥菜基因組公布後，關於芥菜起源問題一直懸而未決。2018年，中國科學家綜合運用基因組學、進化生物學等技術手段，從基因組水平上揭示了芥菜為單一起源，大頭菜（根用芥菜）變種最早在中國分化，明確了芥菜的起源中心在中國，計算出芥菜不同類群分化形成時間。

芥菜的起源